A növényvédő szerek engedélyezése az Európai Unióban zonális rendszerben működik, amelyről az Európai Parlament és a Tanács 1107/2009/EK Rendelete (2009. október 21.) rendelkezik. E jogszabály alapján az európai tagállamokat 3 zónára osztották, melyek közül minden tagállam a saját zónáját képviseli (Északi, Déli és Középső Zóna). Egy zóna valamely tagállamától kapott engedély a zóna többi tagállamában is érvényes, ehhez az adott célország által egy ún. kölcsönös elfogadási eljárást kell kezdeményezni.

Magyarország Belgiummal, Csehországgal, Németországgal, Írországgal, Luxemburggal, Hollandiával, Ausztriával, Lengyelországgal, Romániával, Szlovéniával, Szlovákiával és az Egyesült Királysággal együtt a Középső Zónához tartozik (más néven B, azaz középső Zóna).

Magyarországon a növényvédő szerek engedélyező hatósága a NÉBIH.

Az engedélyezés több lépésben történik:

A kérelmező (előállító, a regisztráció tulajdonosa) összeállít egy dossziét a növényvédőszer-készítményről és/vagy annak hatóanyagáról, amely a biztonságosságról és hatékonyságról szóló tanulmányokat és indoklásokat tartalmaz. A dossziéban szereplő tanulmányok összeállítása készítmények esetében 2-4 évet vesz igénybe. A dossziéban szereplő tanulmányok 8 különböző szakterületet lefedő szabadföldi és laboratóriumi kísérletek eredményeit tartalmazzák, amelyek végül 1-1 fejezetet kapnak a dossziéban (biológiai hatékonyság, fizikai-kémiai vizsgálatok, toxikológiai és ökotoxikológiai paraméterek, környezeti sors stb.)

A dossziét benyújtása után az engedélyező hatóság értékeli, és ennek alapján hoz döntést az engedélyezésről vagy elutasításról. Pozitív döntés esetén engedélyokiratot állít ki, amelynek birtokában a növényvédő szer az ország területén forgalomba hozható.